咨询服务部是中心的业务职能部门，承担中心对全区中小企业开展的管理咨询、战略规划设计、市场策略研究、并购重组策划、内部激励设计、政策法律咨询等方面的咨询服务业务；推动中小企业建立现代企业制度；指导中小企业开展开拓国内外市场；同时负责组织和协调社会中介服务机构开展上述服务业务，拓展新的服务领域。
培训服业务部是中心的业务职能部门，承担国家对中小企业开展的银河培训工程和自治区对中小企业开展的各类培训任务；负责制定年度培训计划，汇总整理并向国家有关部门报告本地开展中小企业培训工作的基本情况；负责新疆当地的中小企业培训师资队伍的建设和管理；组织协调社会中介机构开展其他多种形式的中小企业培训服务。
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